Una de las versiones del origen de este perro expone que los antepasados del Chihuahua actual eran perros de los toltecas y más tarde de los aztecas, en México. Se estima que aquellos perros jugaron el papel de mascota entre la nobleza de estas culturas.
Otra versión es que sus antepasados, al menos el perro bien pequeñito que le dio el diminuto tamaño, fueron llevado a México desde China durante la era colonial. Estos perros miniaturas fueron mezclados con el Xoloitzcuintle pequeño. Ya que se ha mencionado la China , otros opinan que sí procede de esa región, pero que fue llevado a las Américas antes que Colón la descubriera.
La historia del Chihuahua actual comienza en México. A mediados del siglo XIX los visitantes extranjeros notaron al pequeño perro, con su característica mollera abierta, y comenzaron a exportar algunos ejemplares.
A finales de ese siglo se crearon las federaciones caninas en los Estados Unidos. Las descripciones del Chihuahua deseado se empezaron a fijar en las normas de tales federaciones. Se inscribió el primer perro de esta raza, llamado Midget, en 1904 en el AKC y desde tal fecha hasta el presente toda la historia reciente está documentada con buena exactitud a nivel de raza.